샌디(일라이자 우드 분)는 여름을 삼촌 포터(폴 호간 분)와 함께 보내기 위해 '코럴 키'란 섬으로 온다. 그런데 어수선하고 빗물이 새는 삼촌의 바닷가 집에 들어선 순간 샌디는 돌아가고 싶은 마음만 생긴다. 다음날, 삼촌과 함께 배를 타고 바다로로 나간 샌디는 어부들이 돌고래에게 총을 쏘는 것을 목격하고 돌고래 한 마리를 숨겨준다. 어획량이 줄어드는 이유가 스카라고 불리는 망치머리 귀상어 때문이라고 생각한 어부들은 미끼로 고기를 던져놓고 잡으려 하지만, 돌고래가 미끼를 다 먹어버린다고 생각하기 때문이다. 저녁때 집으로 돌아온 샌디가 그 돌고래가 찾아와 재주를 부리는 것을 보고, 친구가 된다. 며칠 후, 갑자기 불어닥친 허리케인으로 삼촌의 집과 배가 부서지자 삼촌은 필요한 장비를 구하기 위해 육지로 떠난다. 부두가를 걷던 샌디는 우연히 그 돌고래와 놀고 있는 소녀 킴을 만나고, 돌고래에게도 플리퍼라는 이름을 지어준다. 샌디와 킴은 플리퍼의 재주를 이용, 간이 돌고래 쇼장을 만드는데 프러퍼는 동전을 찾아내는 묘기를 부리는 등 모두가 즐거운 시간을 보낸다. 이때 갑자기 삼촌이 돌아오고, 플러퍼는 다시 먼 바다로 보내진다. 그런데, 그날 밤 플리퍼가 기진맥진해 샌디를 찾아온다. 플리퍼의 상태를 조사한 샌디와 일행은 플러퍼가 독극물에 중독돼 있다는 사실을 알아낸다. 다음 날 플러퍼는 샌디의 간호 덕분에 건강을 회복하고 문제의 독극물 드럼통을 찾기 위해 바다로 나간다. 플리퍼와 돌고래들의 활약으로 독극물의 출처를 파악한 샌디 일행은 이 사실을 급히 해안 경비대에 알리려고 하지만 연락이 되지 않고, 독극물 쓰레기를 버린 악당이 이들에게 다가오는데…

Sandy Ricks is sent by his mom to Coral Key, a rustic island in the Florida keys, to spend the summer with his uncle Porter Ricks. Sandy dislikes everything about his new environment until a new friend comes into his life, a dolphin named Flipper, that brings uncle and nephew together and leads Sandy on the summer adventure of a lifetime.