운명적인 만남! 마침내, 요괴워치 탄생의 비밀이 밝혀진다! 어느 날, 자고 있던 민호의 손목에서 빛을 내며 요괴워치가 사라져버린다. 그리고 갑자기 진달래 마을에 나타난 거대 고양이 요괴 '거대냥'으로부터 친구를 구해달라는 부탁을 받는데… 민호 일행은 사라진 요괴워치와 '거대냥'의 친구를 돕기 위한 단서를 찾던 중 사건의 열쇠를 쥔 고양이 요괴 '부유냥'을 만나게 되고 60년 전 과거로 타임슬립을 하게 된다. 그들을 기다리고 있는 거대한 적의 정체는 무엇이며, 민호 일행은 무사히 요괴워치를 되찾을 수 있을 것인가?!

When the evil Yo-Kai Kin, Gin and Bronzlow makes the Yo-Kai Watch disappear from time so they can help Dame Dedtime prevent humans and Yo-Kai from being friends, Nate Adams finds help in the Yo-Kai Hovernyan, who takes Nate, Whisper and Jibanyan 60 years to the past, when the Yo-Kai Watch was first invented by Nate's grandfather, Nathaniel Adams, while he was a boy. Together, the 2 boys fight Dame Dedtime and her evil Wicked Yo-Kai minions to save the world from her evil plans.