100년 전, 일본에는 '무시'라는 신기한 생물이 있었다. 정령도 유령도 원령도 아닌 이 생명체는 때때로 인간에게 빙의되어 불가사의한 자연 현상을 불러일으켰다. 무시의 생명의 근원을 조사하여 수수께끼를 푸는 한편, 무시로 인해 고통 받는 사람들을 치유하는 능력을 가진 자들을 사람들은 '무시시'라고 불렸다. 무시시인 깅코(오다기리 죠)는 무시를 잡아끄는 체질 때문에 한곳에 머물지 못하고 정처 없는 방랑을 계속하고 있다. 그는 눈 때문에 하룻밤을 묵었던 집에서 이마에 뿔이 난 소녀를 치료해준 후, 글자로 무시를 봉인하는 아름다운 처녀 탄유(아오이 유우)의 부름을 받고 그녀의 집을 방문한다. 그러나 탄유가 봉인한 무시를 조사하던 깅코는 자신이 무시에게 침식당하게 되는데, 무시가 빙의된 깅코의 운명은 과연 어떻게 될 것인가? 생과 사를 헤매는 그의 예상치 못한 비밀이 지금 밝혀진다.

Mushi are beings in touch with the essence of life, far more basic and pure than normal living things. Most humans are incapable of perceiving Mushi and are oblivious to their existence, but there are a few who possess the ability to see and interact with Mushi. One such person is Ginko who travels from place to place to research Mushi and aid people suffering from problems caused by them.